1999年5月，开始主持河北电视台的全新娱乐栏目《激情九九》。
2002年主持河北电视台王牌综艺节目《国人猜猜猜》。
2003年，主持了最后一期《激情九九》。到中国传媒大学进修影视编导专业，主持生涯也跃上了一个新的高度——在央视客串主持《选择》和《童言无忌》栏目。在主持中央电视台科教频道《选择》栏目并兼任该栏目主编期间，被评为2004年度CCTV 青少年中心先进个人。获得第十一届“中国青年五四奖章”。
2005年2月，重回河北电视台，同年，转而主持央视《三星智力快车》栏目。
2006年4月以后，方琼和“魅力新搭档”新秀尼格买提共同主持央视《全家总动员》栏目。同时，还在央视《三人餐桌》和《超市大赢家》亮相，横跨央视少儿频道、经济频道、科教频道。现已成为中央电视台主持人，主持CCTV-2《超市大赢家》、《全家总动员》和CCTV-少儿《三星智力快车》。 
2007年12月登入央视名嘴挂历。 
2008年入选“中国奥运报道主持人国家队”，担任奥运频道《荣誉殿堂》栏目主持人。2008年8月，与程成、刘刚共同主持河北卫视大型综艺节目《综艺传奇》。2008年主持河北卫视《家政女皇》。
2010年2月起至2010年6月，主持湖南卫视《百科全说》。
2011年主持《综艺大登殿》。
2013年1月与主持河北经视《我为购物狂》。2013年与大左主持《加油！少年派》。2013年与毕福剑主持《越战越勇》。2013年主持央视少儿频道《智力快车》。
2013年10月被聘河北大学艺术学院影视艺术系研究生导师。
2014年4月，主持河北经视《大兵小将》
2016年，担任越战越勇评委；同年8月，方琼的个人公众号上线。